Mehrere Völker empfangen eine Nachricht aus den Tiefen des Weltall. Nach den übermittelten Plänen bauen sie Raumschiffe, um den angegebenen Punkt in den Tiefen des Raums zu erreichen. Dort angekommen stellen sie fest, dass auch andere intergalaktische Völker dieser Nachricht gefolgt sind. Sofort entbrennt ein Konflikt unter den Völkern, der noch immer anhält.

Space Universe ist ein kampfbetontes Weltraumspiel um den Konflikt zwischen den intergalaktischen Völkern. Dabei steht aber der einzelnen Spieler mit seinem Charakter im Mittelpunkt. Ein Schwerpunkt liegt auf der Ausgestaltung und Verbesserung des eigenen Raumgleiters.

Diesen kann der Spieler bei Werten wie Antriebskraft, Waffensystem und Schutzschild immer weiter ausbauen. Die Verbesserungen helfen nicht nur beim Bestehen der Aufträge, mit denen der Spieler Erfahrung und Guthaben sammelt, sondern auch in direkten Kämpfen gegen andere Mitspieler, bei denen zwei Spieler gegeneinander antreten und ihr Raumschiff in einer 3D-Ansicht aktiv über die Tastatur durch das Weltall steuern.

Einen weiteren Schwerpunkt stellen die galaktischen Kriege dar, bei denen alle Mitspieler zweier Rassen eine Woche lang im Kampf gegeneinander antreten, um einen Sieger zu ermitteln, der dafür entsprechende Boni erhält. Zusätzlich gibt es noch das Kampfdeck, auf dem die Spieler direkt gegeneinander antreten, um ihren persönlichen Ruhm zu erhöhen. Hierfür stehen dem Spieler mehrere Tausend Items zur Verfügung, die er erwerben kann, um seine Gewinnchancen durch bessere Waffen, Schilde oder Ausrüstung zu erhöhen.

Selbstverständlich bietet sich den Spielern auch die Möglichkeit, sich in "Allianzen" (Gilden) zusammenzuschließen und zusammen mit anderen Mitspielern für Ruhm und Ehre zu kämpfen.